今天,小子要来分享的是Mac下一款专业的引物设软件——Primer Premier,它主体分为四大部分,尤其常用的是引物设计、限制性内切酶位点分析和DNA基元(motif)查找,给专业人员带来的极大的便利。
我们可以简单地通过手动拖动鼠标以扩增出相应片段所需的引物,而在手动的任何时候,下面显示各种参数的改变和可能的二聚体、异二聚体、发夹结构等。也可以给定条件,让软件自动搜索引物,并将引物分析结果显示出来,而且进行这些操作非常简单。
小子简单说明下Primer Premier的特点:
– PCR引物设计:为PCR和多元实验设计引物对
– 交叉物种:从多样的物种中放大序列
– 病源的检测:在高度保守的区域定位oligos
– 等位基因特异性:专有地放大一系列相关序列的某单一成员
– 退化:从一个氨基酸序列开始,在低退化区域自动反编译和设计oligos
– Nested/multiplex:在多重待选oligos中检测同系物
– 限制酶和motif的分析:选自超过800种酶和200种常用motifs的数据库
– Clustal W:能够载入Clustal W比对后的序列
– 多重序列对比:用通用的Clustal W运算法则在你的桌面上比对顺序(只适用于Windows版本)
– 运算法则-用Breslauer值来计算Tm
– 长的PCR-处理长达50kb的序列
系统版本要求:OS X 10.6 或更高。
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